Stasiun Tugu Yogyakarta didirikan pada tanggal 18 Juli 1886, di atas lahan seluas 300ha oleh pemerintah Kolonial Belanda. Stasiun yang beralamat di Jl. P. Mangkubumi dan Jl. Pasar Kembang ini memiliki 2 peron dengan 6 jalur utama sebagai lalu lintas Kereta Api regular baik dari barat maupun timur dan 5 jalur langsir untuk lokomotif dan gerbong. Stasiun ini berdiri dengan kokoh di ketinggian 113 meter dari permukaan laut.

Stasiun yang mempunyai kode DAOP VI YOGYAKARTA ini menjadi patokan perjalanan Kereta Api di jalur selatan baik ke arah barat maupun timur. Melayani perjalan KA-KA regular sebanyak 113 kereta api baik itu kereta kelas ekonomi, bisnis, eksekutif satwa maupun eksekutif Argo (sumber : GAPEKA DAOP VI YK), stasiun ini juga memiliki beberapa kereta-kereta unggulan sebagai sumber pemasukan DAOP VI Yogyakarta.

KA-KA tersebut a.l : Argo Dwipangga, Argo Lawu, Taksaka, Sancaka, Fajar/Senja Utama YK, Progo, Bengawan, dan Prambanan Ekspress.

Di dalam kompleks stasiun Tugu Yogyakarta terdapat suatu tempat penyimpanan peralatan perkeretaapian yang diberi kode DIPO INDUK YK. Lokomotifnya bisa dibilang cukup banyak dengan nomor cc201 yang diimpor GE Electric, USA antara tahun 1980-1988 seri 28, 29, 30, 31, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, dan 47. Nomor CC203 yang diimpor GE Motor Electric antara tahun 1995-2001 seri 01, 02, 03, 14, dan 16. Serta Nomor cc204 yang diimpor oleh GE Automobile antara tahun 2004-2008 seri 05, 06, 12, dan 13.